Hệ khuẩn đường ruột là một tập hợp gồm hàng nghìn tỉ vi khuẩn, nấm, virus sống trong đường ruột, có vai trò đặc biệt quan trọng với sức khỏe nói chung. Chúng có vai trò chính là “xử lý” thức ăn, kiểm soát hệ miễn dịch,… Chúng cũng có liên hệ trực tiếp tới một số vấn đề sức khỏe như: rối loạn cảm xúc (mood disorders), béo phì, hội chứng ruột kích thích (irritable bowel syndrome - IBS),….
Và chế độ ăn uống để nuôi dưỡng một hệ khuẩn đường ruột đa dạng, khỏe mạnh, có những cách dưới đây:
- Bổ sung trái cây và rau củ tươi.
- Ăn nhiều thực phẩm lên men như kefir, sữa chua, trà và các loại nước lên men...
- Một cốc rượu vang/ngàu, trà và cà phê vừa phải.
- Sữa lên men dạng lỏng (buttermilk)

NHỮNG THỦ PHẠM gây hại cho hệ vì sinh đường tiêu hóa là:
- Soda có đường
- Đồ ăn nhanh, snack ngọt. 
- Sữa động vật không lên men
- Thuốc kháng sinh
- Thuốc nhuận tràng
- Thuốc trầm cảm
- Thuốc dị ứng (antihistamine)
- Thuốc tránh thai hoặc tác động tới hormone

Phụ nữ và người trẻ tuổi thường có hệ vi khuẩn đường ruột đa dạng hơn nhóm còn lại. Về khía cạnh này trẻ em bú sữa mẹ không có sự khác biệt với trẻ uống sữa công thức, khi trưởng thành.